中国人民银行深圳市分行内设办公室（党委办公室）、法律事务处、金融研究处、货币政策处、信贷政策管理处、宏观审慎管理处、金融市场管理处、金融稳定处、调查统计处、支付结算处（营业室）、科技处、货币金银处（保卫处）、国库处、征信管理处、反洗钱处、外汇综合处、国际收支处、外汇管理一处、外汇管理二处、外汇检查处、会计财务处、内审处、人事处（党委组织部）、机关党委办公室（党委宣传部）、纪委办公室、离退休干部工作处等26个内设机构。